Pensez-vous que tous les virus s’atténueront avec le temps ? Pas ce tueur de lapin

Alors que la mortalité par COVID est tombée à son plus bas niveau depuis les premières semaines de la pandémie de 2020, il peut être tentant de conclure que le coronavirus devient irréversiblement plus doux. Cette notion est conforme à la croyance répandue selon laquelle tous les virus commencent de manière dégoûtante et s’atténuent inévitablement avec le temps.

“Il y a eu un récit dominant selon lequel les forces de la nature résoudront cette pandémie pour nous”, a déclaré Aris Katzourakis, biologiste de l’évolution à l’Université d’Oxford.

Mais il n’y a pas une telle loi de la nature. Le développement du virus prend souvent des tournures inattendues. Pour de nombreux virologues, le meilleur exemple de cette imprévisibilité est l’agent pathogène qui ravage les lapins en Australie depuis 72 ans : le virus du myxome.

Andrew Read, biologiste de l’évolution à l’Université de Pennsylvanie, a déclaré que le myxome a tué des centaines de millions de lapins, ce qui en fait le virus vertébré le plus mortel connu de la science. “C’est le plus grand massacre de maladies des vertébrés”, a-t-il déclaré.

Après son introduction en 1950, le virus du myxome est devenu moins mortel pour les lapins, mais le Dr Read et ses collègues ont découvert qu’il avait changé de cap dans les années 1990. Et la dernière étude des chercheurs, publiée ce mois-ci, a révélé que le virus semblait évoluer pour se propager encore plus rapidement de lapins à lapins.

“Il y a encore de nouveaux trucs à venir”, a-t-il déclaré.

Les chercheurs ont délibérément introduit le virus du myxome en Australie dans l’espoir de détruire la population invasive de lapins du pays. En 1859, un fermier du nom de Thomas Austin a importé deux douzaines de lapins d’Angleterre pour chasser dans sa ferme de Victoria. Sans les prédateurs naturels ou les agents pathogènes qui les retenaient, ils se sont multipliés par millions, nourrissant suffisamment de végétation pour mettre en danger la nature sauvage et les agneaux à travers le continent.

Au début des années 1900, des scientifiques brésiliens ont proposé une solution à l’Australie. Ils avaient découvert le virus du myxome à partir d’un coton-tige sud-américain. Le virus propagé par les moustiques et les puces a fait peu de mal aux animaux. Mais lorsque les chercheurs ont infecté des lapins européens dans leur laboratoire, le virus du myxome s’est avéré incroyablement mortel.

Les lapins ont développé des nodules cutanés remplis de virus. L’infection s’est ensuite propagée à d’autres organes, tuant généralement les animaux en quelques jours. Cette terrible maladie a pris le nom de myxomatose.

Des chercheurs brésiliens ont envoyé des échantillons du virus du myxome en Australie, où les chercheurs l’ont testé dans des laboratoires pendant des années pour s’assurer qu’il ne mettait en danger que des lapins, pas d’autres espèces. Certains chercheurs se sont même injectés des virus de myxome.

Une fois que le virus s’est avéré sûr, les chercheurs l’ont pulvérisé dans une boîte pour voir ce qui se passerait. Les lapins sont morts rapidement, mais pas avant d’avoir été piqués par des moustiques et de transmettre le virus à d’autres. Les lapins sont rapidement morts à des centaines de kilomètres.

Immédiatement après l’introduction du myxome, le virologue australien Dr. Frank Fenner a commencé une enquête minutieuse et à long terme sur son massacre. Il estime que le virus a tué 100 millions de lapins au cours des six premiers mois seulement. Lors de tests en laboratoire, le Dr Fenner a découvert que le virus du myxome tuait 99,8 % des lapins infectés, généralement en moins de deux semaines.

Cependant, le virus du myxome n’a pas tué les lapins australiens. Au cours des années 1950, le Dr Fenner a découvert pourquoi : le virus du myxome est devenu moins mortel. Dans ses expériences, les souches les plus courantes du virus n’ont tué que 60 % des lapins. Et les lapins qui ont été tués par les lignes ont mis plus de temps à se rendre.

Cette évolution était conforme aux idées reçues à l’époque. De nombreux biologistes pensaient que les virus et autres parasites devenaient inévitablement plus doux – c’était ce qu’on appelait la loi de la virulence décroissante.

“Les parasites à long terme ont beaucoup moins d’effets nocifs sur l’hôte au cours de l’évolution que les parasites récemment acquis”, écrivait le zoologiste Gordon Ball en 1943.

Selon la théorie, les parasites nouvellement acquis étaient mortels car ils ne s’étaient pas encore adaptés à leurs hôtes. Garder l’hôte en vie plus longtemps, en pensant, a donné aux parasites plus de temps pour se reproduire et se propager à de nouveaux hôtes.

La loi sur la réduction de la virulence semblait expliquer pourquoi les virus du myxome sont devenus moins mortels en Australie et pourquoi ils étaient inoffensifs au Brésil. Les virus des lapins à queue blanche d’Amérique du Sud se sont développés beaucoup plus longtemps, ils n’ont donc causé aucune maladie.

Cependant, les biologistes de l’évolution ont remis en question la logique de la loi au cours des dernières décennies. Devenir plus doux peut être la meilleure stratégie pour certains agents pathogènes, mais ce n’est pas la seule. “Il existe des forces qui peuvent pousser la virulence dans une autre direction”, a déclaré le Dr Katzourakis.

Le Dr Read a décidé de réexaminer la saga du virus du myxome lorsqu’il a ouvert son laboratoire à Penn State en 2008. “Je le connaissais comme un cas d’école”, a-t-il déclaré. “J’ai commencé à penser, ‘Eh bien, quelle est la prochaine?'”

Personne n’avait systématiquement étudié le virus du myxome depuis que le Dr Fenner a obtenu son diplôme dans les années 1960. (Il avait une bonne raison d’abandonner parce qu’il avait commencé à aider à éradiquer la variole.)

Le Dr Read a été organisé par le Dr. Les échantillons de Fenner ont été envoyés en Pennsylvanie, et lui et ses collègues ont également trouvé des traces d’échantillons de myxome plus récents. Les chercheurs ont séquencé l’ADN des virus – ce que le Dr Fenner n’a pas pu faire – et ont mené des études pour infecter les lapins.

Lorsqu’ils ont testé les lignées virales dominantes dans les années 1950, ils ont constaté qu’elles étaient moins mortelles que le virus d’origine, ce qui a confirmé les découvertes du Dr Fenner. Et le nombre de morts est resté relativement faible jusque dans les années 1990.

Mais ensuite les choses ont changé.

De nouvelles lignées virales ont tué plus de lapins de laboratoire. Et ils l’ont souvent fait d’une manière nouvelle : en fermant le système immunitaire de l’animal. Les bactéries intestinales du lapin, généralement inoffensives, se multiplient et provoquent des infections mortelles.

“C’était vraiment effrayant quand nous l’avons vu pour la première fois”, a déclaré le Dr Read.

Curieusement, les lapins sauvages d’Australie n’ont pas subi le terrible sort des animaux de laboratoire du Dr Read. Lui et ses collègues soupçonnent que la nouvelle adaptation des virus était une réponse à une protection plus forte des lapins. Des études ont montré que les lapins australiens ont acquis de nouvelles mutations dans les gènes impliqués dans la première ligne de défense de la maladie, appelée immunité innée.

Alors que les lapins développaient une immunité innée plus forte, le Dr Read et ses collègues soupçonnent que la sélection naturelle, à son tour, a préféré les virus capables de surmonter cette protection. Cette course aux armements évolutive a effacé l’avantage des lapins sauvages. Cependant, ces virus se sont avérés encore pires contre les lapins qui n’avaient pas développé cette résistance, comme ceux du laboratoire du Dr Read.

Et la course aux armements continue d’évoluer. Il y a une dizaine d’années, une nouvelle lignée de virus du myxome est apparue dans le sud-est de l’Australie. Cette branche, appelée Lineage C, se développe beaucoup plus rapidement que les autres lignées.

Les tests d’infection suggèrent que les nouvelles mutations permettent à Lineage Cl de mieux faire face à l’hôte, selon une étude récente du Dr Read et de ses collègues qui n’a pas encore été publiée dans une revue scientifique. De nombreux lapins infectés ont une forme étrange de myxomatose qui provoque un gonflement important des yeux et des oreilles. Ce sont les endroits où les moustiques aiment boire du sang – et où les virus peuvent avoir de meilleures chances d’atteindre leur nouvel hôte.

Les virologues voient quelques leçons importantes que le virus du myxome peut fournir alors que le monde lutte contre la pandémie de Covid. Les deux maladies sont affectées non seulement par la constitution génétique du virus, mais aussi par la capacité de son hôte à se défendre.

Alors que la pandémie se poursuit pour la troisième année, les gens sont plus protégés que jamais contre l’immunité contre la vaccination et les infections.

Pourtant, le coronavirus, comme le myxome, n’est pas forcément sur la voie de la douceur.

La variante Delta, qui a commencé à se répandre aux États-Unis l’automne dernier, était plus mortelle que la version originale du virus. Delta a été remplacé par Omicron, qui a causé des maladies bénignes chez la personne moyenne. Cependant, des virologues de l’Université de Tokyo ont mené des expériences qui suggèrent que la variante Omicron évolue vers des formes plus dangereuses.

“Nous ne savons pas quelle sera la prochaine étape de l’évolution”, a averti le Dr Katzourakis. “Ce chapitre sur la trajectoire évolutive de la virulence n’a pas encore été écrit.”

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